El territorio del estado tuvo un papel muy importante en toda la historia mesoamericana. Desde épocas tempranas, alrededor de 500 a.C., hay asentamientos de grupos agrícolas en la región de San Juan del Río y Huimilpan. Al hacer productiva esta zona y explotar recursos como los minerales, los pueblos locales vuelven atractivo el territorio para sus vecinos más poderosos. Esta zona formaba parte de la gran red de intercambio que sustentaba al poder teotihuacano. Cuando se rompe esta estructura, los numerosos pueblos de la región se fortalecen y definen sus elementos principales. En esta etapa de madurez -de 600 a 900 d.C.- hay un aumento de población, una optimización de los recursos, una sobre explotación agrícola y una complejidad social.

A partir del 900 d.C., la región queretana comparte con los pueblos de la franja norteña de Mesoamérica los inicios de un período de grandes movimientos de población que culminan con el abandono de la zona. En un lapso de 300 años, las migraciones constantes hacen de la región una zona de tensión. Estos desplazamientos también coinciden con diferentes momentos de Tula. Vestigios de esta cultura se localizan en varios sitios y el de mayor importancia es el del Cerrito, situado en el valle de Querétaro.

Cuando Tula pierde su hegemonía se da el último gran tránsito de los pueblos de la zona hacia el Centro de México. A partir del siglo XII la zona queretana se estabiliza en dos grupos: los cazadores recolectores y pequeñas aldeas agrícolas comparten el territorio. En el siglo XV se altera esta relación por las presiones de los dos imperios en pugna: el mexica y el tarasco; constituyéndose esta zona como un escenario intermedio entre los dos estados, al compartir elementos de ambos contendientes.

El territorio queretano no es social ni culturalmente homogéneo. La primera gran distinción se da entre los pueblos de la sierra y los de los valles. En los primeros se encuentra una mayor afinidad con las sociedades de la vertiente del Golfo, mientras que los segundos participan más de los elementos propios del Occidente de México y aún del altiplano central. La segunda diferenciación es que dentro de estos territorios existe una regionalización, aunque con una tradición común.

La conquista y colonización  por los españoles de la región que hoy conocemos como Querétaro, dio como resultado la fundación del pueblo de Huimilpan en 1529, de San Juan del Río en 1531 y, el mismo año, de Querétaro (3). En este proceso destacó la participación de don Nicolás de San Luis Montañés, descendiente de los reyes de la Gran Provincia de Xilotepec, a la postre Capitán General de Entradas, así como de Fernando de Tapia, Conín, cacique otomí de Xilotepec que se dedicaba al comercio con los pueblos aledaños, por lo que estaba en contacto con los pobladores queretanos (4). La única batalla que se llevó a efecto para someter a los pobladores de la zona fue el 25 de julio de 1531, en el cerro de Sangremal.

“Las crónicas de este hecho son de una proyección fascinante por la forma en que narran cómo fue esta batalla, desde el amanecer hasta el medio día de aquel 25 de julio de 1531, a patadas, pellizcos, caderazos y con tal furia que, habiendo pactado que perderían los nativos de esta tierra, estuvieron a punto de ser los triunfadores, y ante este cambio espectacular, los españoles y los indígenas españolizados recurrieron al auxilio divino por medio de Santiago Apóstol, quien atento a la evangelización de esta espléndida región del Nuevo Mundo, acudió presuroso en su auxilio, produciéndose un eclipse total de sol que espantó a los habitantes de esta región, y más, cuando vieron volando en los cielos al Apóstol cabalgando en el espacio en un caballo blanco, y en lo más alto de la comba del cielo una gran cruz rosada refulgente de luz. Ante este hecho, cesó la batalla rindiéndose como estaba pactado y pidiendo solamente que se les construyera una cruz como la que habían visto en el cielo, y es por ello que en el escudo oficial, no sólo de la ciudad sino ahora de todo el estado de Querétaro, aparece plásticamente representado este hecho”

Otros personajes importantes que además de Conín participaron en la fundación, de la ciudad fue el propio don Nicolás de San Luis Montañés, don Juan Sánchez de Alaniz (que posteriormente diseñó la traza urbana de la ciudad) y fray Jacobo Daciano, de la orden franciscana; quien bautizó a los primeros indígenas Pames que abrazaron el Cristianismo en esta región.